SP版の時にメインビジュアルが天地100%でセンターに揃う

については、テーマ設定の一番下にある「独自CSS」に以下のコードを入力してみてください。

@media only screen and (max-width: 767px) {
.flex-viewport, .flexslider .slides, .flexslider-container {
height: 100% !important;
}
}

「独自CSS」はCSSを理解できる方が自分でCSSをかけるという機能となります。上記のコードが何を意味するかの説明は省略しますが、ご希望通りにするための早い方法ということでご了承ください。

◆メインビジュアルのスライドの画像に直接リンクを入れること

こちらもテンプレートのコードを全て把握した上でカスタマイズを施せば不可能ではありませんが、やや高度であり、文章でご説明することは難しいかもしれません。

どうぞよろしくお願いいたします。