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デザイン設定の「【TOP】 特別ニュースバナータイトル(タイトル空欄でバナー非表示)」に入力しても、それだけが反映されないということでしょうか?
まずデザイン設定画面の動作で、「タイトルを入力→右側に反映→保存ボタンを押す」という処理がしっかりと行われているか確認してみてください。この動作がうまくいっていないように見える場合、一度ブラウザのキャッシュをクリアする、あるいは別のブラウザでログインして試してみてください。
全く他の問題だと思われる場合、実際のサイトURLをお知らせください。