ご質問ありがとうございます。
可能かどうか？という意味では、もちろん全く問題なく可能です。
それよりも、開店中ということですので中途半端な状態になってしまう時間がないようにするにはどうしたら良いか、といことでアドバイスさせていただきます。

1. テンプレートを変更する場合、「BASE管理画面のデザイン > テーマ  」からテーマを選び、下にある「このテーマを選択」を押します。この時点ではショップには反映されません。
2. この状態で、そのテーマに必要な「テーマ設定」を行なっていきます。
3. 右上の「プレビュー」を押すと、プレビューモードでデザインが確認できます。
4. 設定ができたら右上の「保存する」を押します。すると「デザインをショップへ反映してもよろしいですか？」という確認が出ます。ここで「保存する」を選択すると、初めてショップに反映されます。「やめる」を選択すると設定値だけ保存しショップには反映されません。

有料テーマの場合はテーマ設定の項目が多いと思いますので、すでにショップが運営中の場合はプレビューモードで全ページ確認しながら全ての設定を行い、完璧になった段階で「デザインをショップへ反映」の操作をするのが良いと思います。

開店はしているが、まだほとんど見られていないというような状態でしたら上記のようなことは気にせず、ショップに反映させながらのんびり設定されると良いと思います。