ご質問ありがとうございます。

文字数について、BASEの仕様としては文字数制限の記載はなく今回初めてお調べしたところですが1000文字が最大となっているようです。

この部分は簡単なカスタマイズをできる場所という趣旨で設けておりますが、文字数についてはBASE上の仕様となっておりこの数字を増やすということは難しくなるため、もし一定ボリュームのまとまったCSSを上書きされたい場合、別ファイルとしてまとめHTML内から読み込みする、またはHTMLのヘッダー内に記述するなどの方法をご検討ください。

「独自スタイルシート」に記述したCSSはそのままHTMLのヘッダーに出力されるため、HTMLヘッダーに直接記載していただく場合と、最終的には同様の状態になります。

大変貴重なフィードバックをありがとうございます。文字制限があるということは今後どこかに記載するように検討いたします。
どうぞよろしくお願いします。