商品画像はクロップせずにそのまま表示されますので、
縦横比は縦長、横長、正方形、なんでも問題ありません。

1280ｘ1280の場合のサンプル商品を作成しましたので参考にしてみてください。

https://universedemo.base.ec/items/27861706

(この商品はカテゴリー「Discounted」の一番最後にあります)

サイトを綺麗に見せるコツとしては、ご存知かと思いますが、商品ごとに商品一覧画面のサムネイルが統一されていないと一覧画面のサムネイル表示がガタガタしてしまうので、サイト全体では統一したほうが綺麗です。

1商品内でもサムネイル表示がありますので、縦横比の統一はしたほうが綺麗です。
もちろん「そのほうが綺麗」というだけで、もしそれ以上に優先すべき理由があれば縦横比が色々混ざっていたとしても、問題はありません。

画像のサイズや比率を後から修正するのは大変な作業かと思いますので、まずいくつかの実際の写真で表示を確認されることをおすすめいたします。

よろしくお願いいたします。