新しい「ショップデザイン機能」の使い方について、ですね。
これはテーマというよりはBASE本体の使い方となりますが、わかる範囲でお返事させていただきます。

まずこちらに使い方が説明されていますのでこちらをご参照ください。

【HTML編集 Appの使い方】について教えてください
https://help.thebase.in/hc/ja/articles/900002957063

確かに「テーマを新規作成する」ボタンを押した際はサンプルテーマしか選択できないようです。

これが不具合なのか、使い方の間違いなのか、については私たちでは確証がないため、どうしても分からない場合は一度公式サポート窓口の方にお問い合わせください。新しい機能なので、きっと同じ疑問をもたれている方もいると思いますので、もし分かりましたらこちらで共有していただけると嬉しいです！

どうぞよろしくお願いいたします。