ご質問ありがとうございます。
実際のサイトURL、またご利用のブラウザ環境などをお知らせ頂くことは可能でしょうか？他で確認できていない症状のため、詳しく検証し原因を特定できればと思います。

ブラウザはChromeとSafariです。

下記URLは12種類までしか表示されません。実際は倍くらいあります。
https://synonymipad.base.shop/categories/1896493

下記URLは「もっと見る」ボタンはでますが、クリックしてから6種類しかでてきません。こちらも本来はもっと公開しています。
https://synonymipad.base.shop/categories/1896494

ありがとうございます。
まず大きく原因を絞り込むため、一度別テーマ（BASEのデフォルトテーマで構いません）に切り替えてみて、想像どおりの商品数が表示されるか確認してみて頂けますでしょうか。

少し拝見したところ、「価格で選ぶ」カテゴリーでは48商品が表示され、その一覧で3000円以下の商品を目で数えると8商品あります。
しかし、「〜¥3000」という中カテゴリに入ってみると10商品が表示されます。つまり2商品が「価格で選ぶ」に属さないまま「〜¥3000」にだけ属しているという状態となっています。商品名でいうと「緋森」と「夏想」が漏れているようです。

これがカテゴリー設定の漏れなのか、仰るようにテーマでの何らかの不具合なのかを絞り込んでいけたらと思います。

もちろん全て試しました。
他のテーマでは上記ページでも全ての対象商品が出て来ますし、商品設定を見てもカテゴリはしっかりと選択されています。

ありがとうございます。テーマ側での問題である可能性が高いですね。
そちらのショップとできるだけ近い商品構成を再現して検証させていただきます。他に同様の報告がないため少しお時間頂くかもしれませんが、どうぞよろしくお願いいたします。

1点、確認です。
現状サイトでのテーマバージョンが古いもの（1.08）になっているようです。
現在UNIVERSEは1.22となっていますので、まずアップデートをお願いできますでしょうか？

先ほどアップデートいたしましたところ、解決いたしました。
ご回答いただき、誠にありがとうございます。
大変お手数おかけいたしました。

解決できてよかったです。
不具合はもちろん、改善点も可能な限り取り込んでアップデートをしていきたいと思いますので、どうぞよろしくお願いいたします。