ロゴは画面レイアウト上、巨大な画像がアップロードされても崩れないように「高さの最大値」が設定されています。ロゴ画像は横長が多いため高さ最大値は小さめになっています。

先ほどのサイトの例ですと、ロゴ画像が正方形に近いため、相対的に小さくなってしまいます。

デザイン編集画面の一番下「独自スタイルシート」の欄に、以下のコードをコピーペーストして保存してみてください。

max-height: 150px !important;

150px という数字はロゴに合わせ、好みでの調整となりますので、大きくしてみたり、小さくしてみたりしてください。

何度も申し訳ございません。
入力して数字を変えても何も変わらない、
むしろ小さくなってしまうのですが
そのままコピペするだけでロゴ画像の大きさは変わるんでしょうか。

失礼しました、正しくは以下の1行となります。

#logo img { max-height: 150px !important;}

malirajというショップを対象に拝見したところ既にそのように書かれていますが、現在は

#logo img{
height: 100px !important;
max-height: 100px;
}

となっています。改めて冒頭のコードだけにしてみていただけませんか？
（アップされたロゴ画像が十分に大きいため、最初のheightはなくても良いと思います）