ご質問ありがとうございます。
この文章を出す部分はBASEのシステムにて全ショップで統一して必ず表示されているものですので、テンプレート側で消すことはできません。
 
「※送料は別途発生いたします。」というのは、送料詳細設定Appを利用して送料を設定している場合の文章だと思います。また、送料詳細設定Appを使わず固定送料を設定していれば「※1回のご注文毎に送料○○円が掛かります。」「送料は無料です」などというように、お店側の設定状況によって文章は自動的に変化しますので、矛盾のないようにはできているかと思います。
 
文章の表現については、より適切な文章があればBASE公式サポートの方にご意見として出してみるのも良いかもしれません。
どうぞよろしくお願いいたします。