それでやってるはずなんですが、反映されません。文字列を入れるとそれは表示されるのですが、例えばタイトルロゴを非表示にするために
{LogoTag}
の中に class="pc"のクラスを作って

.pc {
display:none;
}

としてるのですがロゴが消えません。

文字列が反映されるということは、BASEの動作は正常ということですね。

となるとHTMLとCSSの書き方が正確かどうか、という問題だけになりますので、よく確認してみてください。出力されたページのHTMLソースを表示して、本当にクラス名が振られているか、CSSが正しいか、など。

その辺も確認しているんですが、もう1度見落としがないか確認してみます。
あと無料テーマはhtmlが編集できないという記事も見たんですが（公式サイトじゃない）編集はできますよね？
実際問題は起きてるものの編集作業はできてますしね。

テーマ一覧にある「オフィシャルテーマ」と「HTML編集Appで作成するテーマ」は根本的に異なります。

「オフィシャルテーマ」では「パーツ」といった機能があり、ドラッグ＆ドロップでパーツを追加することができます。

「HTML編集Appで作成するテーマ」はHTMLで全て書いていくという自由度がありますが、ドラッグ＆ドロップでパーツを追加したりする機能を付けることはできません。

「HTML編集Appで新規作成した時の初期コード」はオフィシャルテーマのSIMPLEにとても似ていると思いますので、SIMPLEを編集できるという印象にはなると思います。

「オフィシャルテーマ」というもの自体はHTML編集はできません。

ということはSIMPLE自体は編集できないということでしょうか？
やりたいのはロゴをスマホ用とpc用で切り替えたいのです。

SIMPLEを「ドラッグ＆ドロップでパーツを追加したりする機能を持たせたままHTML編集することはできない」ですね。

HTML編集で新規作成したテーマを選択すると、「パーツ」といった機能がなくなっていると思うので、それが理解しやすいかもしれません。

ゼロからとことんカスタマイズしたい場合、気に入ったデザイナーズテーマをベースにカスタマイズしたい、という場合はHTML編集は良いと思います。

「ロゴをスマホ用とpc用で切り替え」だけであれば、HTML編集で新規作成するメリットを生かしきれないかもしれませんね。

このサイトはデザイナーズテーマのサポート用ですが、簡単なことで分かる範囲であればお返事しますので、色々ご検討してみてください！

ありがとうございます。オフィシャルテーマがhtmlをいじれないとすると、スマホ用とpc用で画像の表示を変えるのは無理ということでいいんでしょうか？

「スマホ用とpc用で画像を変える」ということ自体が特殊な要件なので、一番の基本テーマにはそういう機能はないんじゃないかと思います。