URLありがとうございます。
メインビジュアルの背景というのは本来見えるものではない為、要因をチェックさせていただきました。
まずデザイン設定項目の「【TOP】 特別ニュースバナータイトル」に、おそらく全角スペースか何かが入ってしまっています。そのため何もないのに高さだけ取られてしまっているようです。
またカテゴリーAppは利用されないご予定でしょうか？

メインビジュアル下のものは「特別ニュースバナー」のものですので、こちらの背景を削除。
またブログ新着エリアの背景を削除。
インスタグラムフィードにも同じ背景がありますのでそちらも併せて削除できます。

デザイン設定の下の方に「独自スタイルシート」という欄がありますので、以下のコードをコピーしてそこにペーストして保存してください。

.alertBanner,
#rssbox,
#instagramfeed {background-image: none !important;}

#rssbox、#instagramfeed については個別に背景色を設定する項目はありませんので、もし任意の色に設定されたい場合はここで指定することもできます。
例）インスタグラムフィードの背景を白くしたい場合

#instagramfeed { background: #ffff; }

以上、よろしくお願い致します。