ご質問ありがとうございます。

「もっと見る」ボタンによる無限読み込み式にした場合は、「特集カテゴリーセクション」のスクロール視差効果も無効化されます。

これはマニュアルの「もっと見るボタンによる無限読み込み式にする」の項目にもある通り仕様となっております。
https://basedesign.info/universe/
 
 
元々、UNVIERSEはあえて商品の無限読み込みをしないことで、その下にある「特集カテゴリーセクション」でスクロール視差効果の演出を実現していました。
商品の無限読み込みをすると、画面のリロードをせずページ高さが長くなっていくのですが、そうなるとプログラムにて画面のスクロール位置を計算して視差効果を実現する処理が成立しないためです。
 
その後、トップページでも無限読み込み式にしたいというご要望がいくつかあったことから、「無限読み込みにする」機能を追加いたしました。その際には表示不具合を避ける形でスクロール視差効果の演出をしないようにしております。
 
そのような理由にて仕様とさせていただいております。
ご希望にお応えできず残念ですが、どうぞよろしくお願いいたします。